1755 m. domininkonų vienuolyne buvo įkurta pirmoji Skapiškyje pradinė mokykla. Mokyklos mokytojai buvo vienuoliai. Po 1831m. sukilimo vienuolynas ir mokykla buvo uždaryti.
1861 m. prie valsčiaus savivaldybės buvo pastatytas pastatas mokyklai. Iki 1905m. mokytojai buvo vien rusai ir dėstoma buvo rusų kalba. Po spaudos draudimo panaikinimo buvo dėstoma lietuvių ir rusų kalbomis.
1920 m. mokykla buvo perkelta į buvusius vienuolyno rūmus. Buvo 4 skyriai, dirbo 4 mokytojai.
1922 m. įkurta progimnazija, kuri veikė iki 1929 m.
1923-1927 m. veikė dvimečiai mokytojų kursai. Buvo išleistos trys laidos. Tuo metu pradinėje, progimnazijoje ir kursuose mokėsi apie 360 moksleivių.
Nuo 1934 m. pradinėje mokykloje buvo 6 skyriai. Veikė žydų pradinė mokykla, kuri 1938 m. buvo sujungta su lietuvių mokykla.
1940 m. vėl buvo įkurta progimnazija. Prasidėjus karui , 1941 m. buvo uždaryta.
1942-1944 m. veikė amatų mokykla, kurioje buvo ruošiami dailidės, mūrininkai, šaltkalviai. Buvo dėstomi ir bendrojo lavinimo dalykai.
1964 m. pradėta statyti nauja mokykla , kurioje galėjo mokytis 640 moksleivių.
1967 m. įvyko naujos mokyklos atidarymas.
1979 m. prie mokyklos pristatyti priestatai: sporto salė, valgykla.
Šiuo metu vidurinėje mokykloje mokosi 195 moksleiviai, dirba 29 mokytojai. Mokyklos prioritetinės sritys - ugdymo proceso modernizavimas, informacinių technologijų diegimas ir ugdymo aplinkos atnaujinimas. Svarbiausios popamokinės veiklos sritys- sportinė, meninė, darbas kompiuteriu, stiprios teatrinės tradicijos, vykdomi įvairūs projektai.